1、代表性原则
食品因加工批号，原料情况(来源、种类、地区、季节等)，加工方法，运输、贮藏条件，销售中的各个环节(如有无防蝇、防蟑螂、防鼠等设备)及销售人员的责任心和卫生知识水平等都对食品卫生质量有着重要影响。在采样时必须考虑这些因素，使所采的样本能真正反映被采样的总体水平，也就是通过对具代表性样本的监测能客观推测食品的质量。
2、典型性原则
采集能充分说明达到监测目的的典型样本，包括以下几种样本。
(1)污染或怀疑污染的样本；
(2)中毒或怀疑中毒的食品；
(3)掺假或怀疑掺假的食品；
3、适时性原则
因为不少被检物质总是随时间发生变化的，为了保证得到正确结论就必须很快送检。如发生食物中毒应立即赶到现场及时采样，否则不易采得中毒食品，在临床上也往往要等检出的毒物，以便采用有针对性的解救药物，进行抢救。因此采样和送检的时间性是很重要的。
4、适量性原则
(1)采样数量应根据检验项目和目的而定，但每份样本不少于检验需要量的三倍，以便供检验、复检和留样备用。供理化检验样本，一般每份样本不少于0.5kg，液体、半液体食品每份样本量为0.5～1L,250g以下包装者不少于6包。可以根据检验项目和样本的具体情况适当增加或减少。微生物学检验，按国家有关规定进行。
(2)对食品卫生检查，通常有包装的，在100包以下按10%抽样，100包以上按批号采样不少于12个包装，不多余36个包装。从12～36个包装内取所需样本份数不得少于3份，每份样本由3～4个包装内采取的样本混合而成。
(3)作为食品卫生专题调查或制定食品卫生标准或定期监测项目的样本，应按照各项工作所定的样本计划进行。
(4)对已被污染的食品，应先从感官上分重、中、轻三种污染情况，从各类中样。可根据污染食品的多少，各类取1～3份样本，分别进行检验。
5、程序原则
采样、送检、留样和出具报告均按规定的程序进行，各阶段都要有完整的手续责任分明。
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